Gümrük müşavirleri görev başlangıçlarında imzalandıkları beyanname doğrultusunda cezai hükümlerin uygulanması açısından beyannamede açık bir şekilde belirtilmekte olan rejimlerin gerektirdiği tüm yükümlülüklere uyulmasından ve ekli belgelerin doğruluğundan sorumlu tutulmaktadır. Talep edilmesi halinde müsteşarlık merkez denetim elemanları ile birlikte gümrük idare amirlerinin yapacakları muayene esnasında hazır bulunmaları ve eşya sahiplerinin de hazır bulundurulması ile sorumludur.

Gümrük müşavirleri ayrıca Ticaret Kanunu ve Vergi Usul Kanunu tarafından emredilmekte olan defterleri tutmak, kanuni defterleri, iş ile ilgili yapılan yazışma evrak ve iş yerine dair faturaları dahi 5 yıl süre ile muhafaza etmek ile yükümlü tutulmaktadır.

Gümrük müşavirlerinin önemli görevlerinden biri de müşavirlerin ister şahıs isterse şirketlerine ait ibrazı zorunlu olan bilgi ya da belgelerde değişiklik olması durumunda derhal bağlı oldukları başmüdürlüğü bildiri yapmaları gerekmektedir. Belgelerde herhangi bir değişiklik olmaması durumunda geçen her yılın ikinci ayında bağlı olunan başmüdürlüğe bilgilerin teyiti ile ilgili bilgi göndermesi gerekmektedir. Ayrıca gümrük müşavirleri ile birlikte çalışmakta olan gümrük müşavir yardımcılarının görevden ayrılmaları durumunda yardımcıları için ilişik kesme belgesi düzenlemeleri ve yanlarında çalışmaya başlamaları durumunda da bu belgeyi aramaları gerekir. Göreve yeni başlayacak olan gümrük müşavir yardımcıları için bu hükümlerin geçerli olmadığı bilinmelidir.  Gümrük müşavirlerinin yanında göreve başlayan ya da görevden ayrılan tüm müşavir yardımcılarını aynı şekilde takip eden gün içerisinde mutlaka müşavirler derneğine bildirmesi ve bu dernek aracılığı ile bağlı olunan gümrük baş müdürlüğüne bir hafta içerisinde yazı ile bildirilmesi gerekmektedir.